Głównym celem Programu Infrastruktura i Środowisko (IiŚ) jest:
Podniesienie atrakcyjności inwestycyjnej Polski i jej regionów poprzez rozwój infrastruktury technicznej przy równoczesnej ochronie i poprawie stanu środowiska, zdrowia, zachowaniu tożsamości kulturowej i rozwijaniu spójności terytorialnej.

Główny cel Programu realizować będzie dwa cele horyzontalne wymienione w NSRO, tj.:
1. „Budowa i modernizacja infrastruktury technicznej i społecznej, mającej podstawowe znaczenie dla wzrostu konkurencyjności Polski”,
2. „Wzrost konkurencyjności polskich regionów i przeciwdziałanie ich marginalizacji społecznej, gospodarczej i przestrzennej”.

W ramach programu realizowanych będzie 17 osi priorytetowych (po pauzach: główne cele poszczególnych osi):

1. Gospodarka wodno-ściekowa – Wyposażenie (do końca 2015 r.) aglomeracji powyżej 15 tys. RLM w systemy kanalizacji, oczyszczalnie ścieków.
2. Gospodarka odpadami i ochrona powierzchni ziemi – Zwiększenie korzyści gospodarczych poprzez zmniejszenie udziału odpadów komunalnych składowanych i rekultywację terenów zdegradowanych oraz ochronę brzegów morskich.
3. Zarządzanie zasobami i przeciwdziałanie zagrożeniom środowiska – Zapewnienie odpowiedniej ilości zasobów wodnych na potrzeby ludności i gospodarki kraju oraz minimalizacja skutków negatywnych zjawisk naturalnych, przeciwdziałanie poważnym awariom, zapewnienie dobrego stanu wód przybrzeżnych, a także wzmocnienie procesów decyzyjnych poprzez zapewnienie wiarygodnych informacji o stanie środowiska.
4. Przedsięwzięcia dostosowujące przedsiębiorstwa do wymogów ochrony środowiska – Ograniczanie negatywnego wpływu istniejącej działalności przemysłowej na środowisko i dostosowanie przedsiębiorstw do wymogów prawa wspólnotowego.
5. Ochrona przyrody i kształtowanie postaw ekologicznych – Ograniczenie degradacji środowiska naturalnego oraz strat jego zasobów i zmniejszania różnorodności biologicznej.
6. Drogowa i lotnicza sieć TEN-T – Poprawa dostępności komunikacyjnej Polski i połączeń międzyregionalnych poprzez rozwój drogowej i lotniczej sieci TEN-T.
7. Transport przyjazny środowisku – Zwiększenie udziału przyjaznych środowisku gałęzi transportu w ogólnym przewozie osób i ładunków.
8. Bezpieczeństwo transportu i krajowe sieci transportowe – Poprawa stanu bezpieczeństwa oraz dostępności komunikacyjnej Polski i krajowych połączeń międzyregionalnych, położonych poza siecią TEN-T.
9. Infrastruktura drogowa w Polsce wschodniej – Poprawa połączeń komunikacyjnych głównych miast województw wschodniej Polski z pozostałą częścią kraju poprzez rozwój sieci drogowej na terenie tych województw.
10. Infrastruktura energetyczna przyjazna środowisku – Poprawa bezpieczeństwa energetycznego państwa w zakresie oddziaływania sektora energetyki na środowisko.
11. Bezpieczeństwo energetyczne – Poprawa bezpieczeństwa energetycznego państwa poprzez tworzenie nowych zdolności przesyłowych i transportowych energii elektrycznej, gazu ziemnego i ropy naftowej oraz rozbudowę podziemnych magazynów gazu ziemnego, a także poprzez zapewnienie dostępności sieci gazowej na terenach niezgazyfikowanych i modernizację istniejących sieci dystrybucji.
12. Kultura i dziedzictwo kulturowe – Wykorzystanie potencjału kultury i dziedzictwa kulturowego o znaczeniu światowym i europejskim dla zwiększenia atrakcyjności Polski.
13. Bezpieczeństwo zdrowotne i poprawa efektywności systemu ochrony zdrowia – Wspieranie utrzymania dobrego poziomu zdrowia zasobów pracy.
14. Infrastruktura szkolnictwa wyższego – Rozwój nowoczesnych ośrodków akademickich przede wszystkim kształcących specjalistów w zakresie nowoczesnych technologii.
15. Pomoc techniczna EFRR – Sprawne i efektywne wykorzystanie środków w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.
16. Pomoc techniczna FS – Sprawne i efektywne wykorzystanie środków w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko.
17. Konkurencyjność regionów – Zwiększenie konkurencyjności regionów poprzez realizację kluczowych inwestycji infrastrukturalnych.